為鼓勵學術研究，本會提供下列獎勵方法：

• 特殊貢獻獎：表揚對中華民國物理學界有特殊的貢獻之人士。
• 會士獎：每年遴選會員中研究傑出者給予會士資格，以認同其對學術研究之優異表現。
• 吳健雄獎學金：獎勵女性碩博士研究生從事物理相關領域研究。
• 研究生優良論文獎：為提昇國內物理領域研究所研究生之研究水準，並肯定、鼓勵其研究成果。
• 大專生優良論文獎：為提昇國內物理領域大專生參與研究，並肯定、鼓勵其研究成果。
• 中華民國物理學刊優良論文獎勵辦法：鼓勵國內學者踴躍投稿「中華民國物理學刊」(CJP)，強化其論文品質，並增加其被引用次數，以提高國際能見度。